История спасательного подразделения неразрывно связана с Кирово-Чепецким химическим комбинатом. В 1946 году было принято постановление о включении комбината в программу создания «советской атомной бомбы», а именно в решение задачи промышленного производства гексафторида урана. Это событие поспособствовало изданию приказа ГУПО МВД СССР, на основании которого 20 ноября 1948 года объявлен временный штат пятой отдельной военизированной пожарной команды (ОВПК-5) ОПО УМВД по охране завода № 752 (так в 1948 году именовался Кирово-Чепецкий химический комбинат) Министерства химической промышленности СССР. С тех пор датой образования ФГКУ «Специальное управление ФПС № 16 МЧС России» считается 20 ноября 1948 года.
9 января 1949 года – приказом начальника управления МВД по Кировской области объявлен штат пятой отдельной военизированной пожарной команды ОПО УМВД Кировской области по охране завода № 752 Министерства химической промышленности СССР и ТЭЦ-3 Министерства электростанций СССР.
19 марта 1959 года – ОВПК-5 ОПО УМВД Кировской области реорганизуется в военизированную пожарную часть Инспекции пожарной охраны № 16 ГУПО МВД СССР.
26 декабря 1966 года – приказом МООП СССР в составе Инспекции пожарной охраны № 16 ГУПО МВД СССР организована военизированная пожарная часть № 2 для охраны Кирово-Чепецка. На вооружении состояли две автоцистерны ПМЗ и грузовой автомобиль.
1 июля 1969 года – Инспекция пожарной охраны № 16 ГУПО МВД СССР реорганизована в Отделение пожарной охраны № 16 ГУПО МВД СССР (ОПО-16).
1 июня 1973 года – введено в эксплуатацию новое здание пожарного депо военизированной пожарной части № 1 ОПО-16.
19 марта 1976 года – приказом МВД СССР в подчинение ОПО-16 передаётся Инспекция пожарной охраны № 47 по охране Кировского машиностроительного завода им. XX съезда.
28 февраля 1978 года – приказом ГУПО МВД СССР утверждаются штаты военизированной пожарной части № 3 и штаба пожаротушения ОПО-16 для охраны строящегося завода минеральных удобрений в Кирово-Чепецке.
6 апреля 1978 года – введено в эксплуатацию новое здание пожарного депо военизированной пожарной части № 3.
29 декабря 1978 года – Отделение пожарной охраны № 16 ГУПО МВД СССР преобразовано в Отдел пожарной охраны № 16 ГУПО МВД СССР.
1 августа 1987 года – из состава Отдела пожарной охраны № 16 ГУПО МВД СССР выводится военизированная пожарная часть № 2.
4 сентября 1992 года – приказом МВД России в подчинение Отдела пожарной охраны № 16 СПАСР МВД России передаётся Отделение государственной противопожарной службы № 68, созданное для охраны объектов Министерства здравоохранения и социального развития.
1 января 2002 года – в соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 09.11.2001 № 1309 «О совершенствовании государственного управления в области пожарной безопасности» Государственная противопожарная служба МВД России передана в ведение МЧС России. Отдел государственной противопожарной службы № 16 преобразован в Отдел государственной противопожарной службы № 16 ГУ ГПС МЧС России.
1 апреля 2006 года – Отдел государственной противопожарной службы № 16 ГУ ГПС МЧС России преобразован в Специальное управление ФПС № 16 МЧС России.
1 июля 2006 года – на первое боевое дежурство по обеспечению пожарной безопасности объекта уничтожения химического оружия «Марадыковский» заступил личный состав специальной пожарной части № 2 Специального управления ФПС № 16 МЧС России.
19 марта 2007 года – утверждены дополнительные штаты Специального управления ФПС № 16 МЧС России по организации центра обеспечения деятельности, отдельного поста специальной пожарной части № 2 и специальной пожарной части № 4.
19 марта 2008 года – на первое боевое дежурство для охраны ЗАТО Первомайский Кировской области заступил личный состав специальной пожарной части № 4. Пожарная техника, личный состав были размещены в здании базы ОКСА в/ч 44200.
30 апреля 2010 года – выпущен первый номер информационно – аналитической газеты Специального управления ФПС № 16 МЧС России «Мужество Честь Сила».
28 октября 2010 года – состоялось торжественное открытие пожарного депо специальной пожарной части № 4.
2 декабря 2010 года – состоялось торжественное открытие пожарного депо специальной пожарной части № 2.
27 ноября 2012 года – в соответствии с Указом Президента РФ от 12.12.2009 № 1432 «О знамени МЧС России, знамен его территориальных органов, учебных заведений профессионального образования и организаций, находящихся в ведении этого Министерства» проведена церемония вручения знамени ФГКУ «Специальное управление ФПС № 16 МЧС России». Знамя является официальным символом и реликвией. Церемония призвана символически отразить связь поколений, историческую память, единство всех сотрудников – от начальника управления до рядового.
В 2012 году – при непосредственном участии сотрудников Специального управления организован поисковый отряд «Кречет». Отряд занимается раскопками на местах сражений времен Великой Отечественной войны, поднятием останков солдат, установлением судеб и имён граждан, павших за нашу Родину, восстановлением исторических событий и увековечением светлой памяти подвига русского народа тех времен. Поисковая и исследовательская деятельность отряда направлена на патриотическое воспитание молодого поколения.
9 октября 2015 года – состоялось торжественное открытие музейно-выставочной экспозиции Специального управления ФПС № 16 МЧС России, приуроченной к 68-й годовщине образования специальной пожарной охраны, 25-летию годовщины образования МЧС России, 70-летию Победы в Великой Отечественной войне и 60-летию муниципального образования город Кирово-Чепецк. Экспозиция свидетельствует об историческом пути в деле обеспечения безопасности важных производственных объектов и населенных пунктов Кировской области, активном участии в общественной жизни и патриотической работе сотрудников. Основу экспозиции, посвященной Великой Отечественной войне, составляют материалы и экспонаты, предоставленные поисковым отрядом «Кречет», возглавляемым сотрудниками управления. Экспозицию также украшает атрибутика спортивных достижений сотрудников подразделений.
7 мая 2016 года – в городе Кирово-Чепецке управлением впервые организован и проведен турнир по боксу среди воспитанников спортивных клубов Специальных подразделений ФПС МЧС России под эгидой «2016 год – год пожарной охраны», посвященный 367-й годовщине образования пожарной охраны России и 71-й годовщине Дня Победы в Великой Отечественной войне. Турнир посетило более 300 жителей города, для которых также была организована выставка пожарной техники.
20 мая 2016 года – состоялось торжественное открытие вновь построенного пожарного депо на три машино – выезда для специальной пожарной техники управления, возведенное на средства охраняемого объекта – филиала «КЧХК» АО «ОХК «УРАЛХИМ» в г. Кирово-Чепецке.
В сентябре 2016 года – на официальном канале МЧС России видеохостинга YouTube вышел клип Кировской группы «Роднополисы» о жизни и работе спасателей, популяризующий деятельность сотрудников МЧС России. В главной роли клипа снялись действующие сотрудники Специального управления ФПС № 16 МЧС России.
В июле 2018 года – команда Специального управления стала чемпионом России по пожарно-спасательному спорту в боевом развертывании. С 2007 года команда выступает на спортивных аренах страны. Спортсмены обладают высоким уровнем подготовки, способны конкурировать с лидирующими командами МЧС России, являются неоднократными победителями и призерами всероссийских соревнований по пожарно-спасательному спорту и на сегодняшний день по праву считаются одной из лучших команд среди Специальных управлений ФПС МЧС России.
25 мая 2019 года – на основании распоряжения Правительства РФ под охрану Специального управления взято еще одно крупное промышленное предприятие оборонного комплекса страны, расположенное в Кировской области.
В декабре 2019 года – сотрудник управления стал победителем Всероссийского фестиваля по безопасности и спасения людей «Созвездие мужества» в номинации «Лучший боец специальных подразделений ФПС ГПС», проводимого МЧС России.
21 февраля 2020 года – Специальным управлением ФПС № 16 МЧС России заключено соглашение о социальном партнерстве с Кировским областным государственным общеобразовательным автономным учреждением «Кировский кадетский корпус имени Героя Советского Союза А.Я. Опарина». Подписанный договор обязывает стороны организовывать совместную деятельность в целях обеспечения выполнения Концепции патриотического воспитания граждан Российской Федерации и повышения престижа государственной противопожарной службы МЧС России.
В 2020 году – команда «Пламя» стала победителем открытого Кубка Кировской области по хоккею с шайбой среди команд органов безопасности и правопорядка на призы Главного федерального инспектора по Кировской области Владимира Климова. Команда организована в 2012 году и за это время добивалась высоких результатов в родном регионе и за его пределами. Так, на II Всероссийском турнире по хоккею с шайбой среди специальных подразделений ФПС МЧС России, проходившем в г. Заречный Пензенской области в 2013 году, команда «Пламя» заняла почетное 3 место, а в 2017 году команда стала чемпионом г. Кирово-Чепецка по хоккею с шайбой дивизиона «Мастер». В настоящее время ФГКУ «Специальное управление ФПС № 16 МЧС России» охраняет особо важные и режимные организации Кировской области. Это крупные промышленные предприятия по обращению с радиоактивными отходами, по безопасному хранению и уничтожению химического оружия, по производству авиационных изделий военного и гражданского назначения, химической продукции с применением сильнодействующих ядовитых веществ, а также ЗАТО Первомайский Кировской области.